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半索动物又叫做“隐索动物”,全都生活在海洋里。它们最显著的特点是具有位于背部的神经索,以及口腔背面向前伸出的一条叫做“口索”的短短的盲管。一些科学家认为,这样的背神经索是后来出现的脊索动物的背神经管的雏形,而口索则是脊索动物的脊索或脑垂体前叶的雏形。显然,半索动物是非脊索动物与脊索动物之间的过渡类型。
半索动物包括4个纲,即肠鳃纲、羽鳃纲、浮球虫纲和笔石纲。其中,肠鳃纲都是一些现代动物,没有化石记录;羽鳃纲出现在奥陶纪并一直延续至今;浮球虫纲是一类数量极少的现代动物。这三个纲加起来,种数也不过50多种。笔石纲则是半索动物门当中类型和数量都最为丰富的类群,不过,它们全都是古生物,最早出现在寒武纪中期,到了3亿多年前的石炭纪早期就已经全部绝灭了。
笔石动物的化石通常保存的状态是压扁了的炭质薄膜,很像铅笔在岩石层面上书写的痕迹,因此才被科学家叫做“笔石”。它们一般被分成6个目:树形笔石目、管笔石目、腔笔石目、茎笔石目、介壳笔石目和正笔石目。
根据化石保存的状态、共生动物的类别以及笔石动物自身的骨骼构造,科学家推测一部分笔石动物在海底营底栖固着生活,例如大部分的树形笔石,它们有固定的茎、根等构造;另一部分笔石动物营漂浮生活,例如正笔石,它们具有叫做“线管”的丝状体,用来附着在漂浮体上。
笔石动物可以与腕足动物和三叶虫等动物的化石共生。但是也有一些特定的环境里只有漂浮笔石而没有其它生物或是仅有极少的浮游生物伴生。
笔石通常保存在黑色页岩中,究其原因可能是因为当时的沉积环境海水较为平静,海底还原作用强,氧气不足,含有较多的硫化氢,不适宜底栖生物生存,但是在这样的环境里营漂浮生活的笔石可以在表层水体中生活,死后尸体沉入水底变成化石;另一种原因则可能是因为当笔石从正常的水体漂浮到这种不宜生存的水体中时,便大量死亡并沉入海底,而海底底栖动物稀少,没有将这些笔石尸体“消灭”掉,它们就大量保存下来并变成了化石。
除了页岩之外,在细砂岩、粉砂岩或灰岩中也能发现一些笔石化石
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